Molekylär Programmering SciLifeLab & KTH · Stockholm

Data & Kod

Vi tror på öppen och tillgänglig vetenskap. Programvara och data från våra publikationer är fritt tillgängliga.

Öppna data och programvara

Computer Animation Vi tror på öppen och tillgänglig vetenskap. All programvara och alla data från våra publikationer görs fritt tillgängliga. Om du har frågor eller stöter på problem får du gärna öppna ett ärende i respektive GitHub-repositorium.

Master Schemer

Master Schemer är en CAD-liknande editor för scheman inom molekylär programmering. Linjer, segment, kort och pilar är spårade objekt med etiketter, färger, mönster och data i stället för enbart streck, så att en sträng ritad på arbetsytan behåller det som gör den till en sträng: delsegment med egna färger och sekvenser, länkar till objekten den binder till, och LaTeX-etiketter som följer med i exporten. Programmet körs som ett skrivbordsprogram på macOS, Windows och Linux, och exporterar till SVG och CSV.

Master Schemer
Master Schemer segment tool
GitHub Hämta senaste versionen

Network Spatial Coherence Package

Ett ramverk för att utvärdera "spatial coherence" i nätverk som används i sekvenseringsbaserad mikroskopi. Paketet erbjuder mått som inte kräver ground truth för att bedöma hur väl ett nätverks topologi bevarar ursprungliga spatiala relationer i 2D eller 3D genom att mäta dess överensstämmelse med euklidiska geometriska lagar.

pip install network-spatial-coherence

PyPI GitHub Zenodo

"Alphamorph" transform package

pip install alphamorph

PyPI GitHub

Hidden Network Slide-tags Package

Zenodo GitHub

STRND - Spatial Reconstruction Package

pip install strnd

PyPI GitHub

Spatial Tolerance Analysis: data och kod

Intertangler/spatial_tolerance: första versionen av Spatial Tolerance

GitHub Zenodo