En ny preprint inom molekylär programmering ledd av samarbetspartners Iris Rocamonde Lago (för närvarande postdoktor i Erik Bensons grupp) och Björn Högberg. Arbetet presenterar en ny metod som använder DNA-origami-nanostrukturer och statistisk fysik / jämviktstermodynamik för att mäta aviditet — ett svårfångat begrepp som beskriver bindningsstyrkan hos molekyler som är förbundna via flera kontaktpunkter. I denna studie användes rumsligt separerade antigener och deras interaktion med antikroppar som modellsystem.

biorxiv.org preprint

VOLUMINEX-konsortiet möttes i Paris den 9–10 april 2026 och samlade alla fem partners vid Sorbonne University för sitt årsmöte. Programmet kombinerade tekniska uppdateringar över arbetspaket med fokuserade diskussioner om den framväxande end-to-end-pipeline och förberedelser inför den kommande projektgranskningen. Vid sidan av forskningen gav mötet också tid att samordna teamet och sätta riktning för nästa fas av projektet. Bilden visar oss som njuter av franskt kök i centrala Paris.

VOLUMINEX i Paris för sitt årsmöte 2026

Ian Hoffecker har utsetts till expertgruppen för Data Driven Life Sciences (DDLS) inom cell- och molekylärbiologi. Ian deltog nyligen i DDLS-symposiet om datadrivna systembiologi, som hölls på Life City i Stockholm, där forskare samlas för att utnyttja stordata och systemansatser för att avkoda komplex biologi.

DDLS Cell- och molekylärbiologi
DDLS Symposium: Datadrivna systembiologi

Förra veckan deltog molekylär programmeringsgruppens seniorforskare Dr. Joel Spratt i den årliga konferensen Foundations of Nanoscience i München, Tyskland. Den 18 mars presenterade Joel sin poster med titeln "Growing DNA Polonies in 3-D Gels Using Bridge PCR", som beskrev de protokoll som utvecklats inom VOLUMINEX-projektet för bridge-PCR i 3D-geler.

Foundations of Nanoscience är den ledande internationella konferensen för allt inom DNA-nanoteknologi, med de senaste rönen om nanostrukturdesign och -utveckling från områdets främsta namn. "Det var fantastiskt att bolla idéer och se hur vårt projekt passar in i det större nanoteknologiska ekosystemet", berättade Joel. "Och det var också kul att besöka München!"

FNANO-konferensprogram

Ian har utsetts till fakultetsmedlem i Digital Futures och deltog nyligen i en paneldiskussion vid Digital Futures Young Scientist Conference (12 mars) tillsammans med Frank Jiang (KTH Innovation och FleetMQ) och Johanna Hård (Amun AI), med Urban Forssell (KTH & Digital Futures) som moderator. Diskussionen handlade om utmaningarna och möjligheterna med att översätta akademisk forskning till verkliga tillämpningar, entrepreneurskap och tvärvetenskapligt samarbete.

Digital Futures Young Scientist Conference – återblick

2026 har börjat starkt. Vår nya artikel om att mäta spatial coherence i barcode-nätverk har publicerats. I arbetet presenterar vi ett teoretiskt ramverk för att förstå hur spatial information kodas i molekylära nätverk, och introducerar ett nytt mått, "spatial coherence", för att kvantifiera i vilken grad ett nätverk bevarar spatiala relationer. Måttet kan användas för att utvärdera och optimera sekvenseringsbaserade mikroskopitekniker, eller spatiala nätverk mer generellt. Grattis till försteförfattaren och doktoranden David F. Bonet tillsammans med Johanna, Shuai, Simon och Ian! Ett varmt välkomnande också till KTH:s masterstudenter Johan Holmqvist (fysik) och Eskil Billsten (tillämpad matematik), som ansluter för sina examensarbeten i vår. Nu ser vi fram emot ett riktigt bra år! cell.com/patterns/fulltext/S2666-3899(25)00276-4

En ny artikel från gruppen har publicerats! Under ett journal club-möte gjorde vi en lycklig upptäckt av ett dolt spatialt nätverk i data från metoden Slide-tags, utvecklad av Fei Chen och kollegor vid Broad Institute. Nätverket uppstår som en följd av den promiskuösa diffusionen av DNA-barcodes från ytmatriser till cellkärnor, och gjorde det möjligt för oss att utföra förvånansvärt bra spatiala rekonstruktioner med vår algoritm "STRND" utan behov av tidigare spatial referenskarta. Fantastiskt arbete av doktoranden Simon K. Dahlberg tillsammans med David Fernandez Bonet och samarbetspartnerna Lovisa Franzén och Patrik Ståhl. Snyggt jobbat! nature.com/articles/s41467-025-65295-w

Doktoranden Simon K. Dahlberg påbörjar ett tre månader långt forskningsutbyte i Japan för att bidra till utvecklingen av en ny sekvenseringsbaserad enhet för spatial infångning i det högteknologiska labbet hos våra samarbetspartner Hirofumi Shintaku och Taikopaul Kaneko vid LiMe Institute, Kyoto University. Doktoranden David och postdoktorn Anastassia deltog också i FDN 2025 i Rom, där Davids arbete om spatiala nätverks promiskuitet valdes ut för en muntlig presentation. Snyggt! Vi välkomnar också vårens examensarbetesstudent Sara Assariha, som ska genomföra ett advanced-PCR-projekt inom DNA-beräkning tillsammans med handledaren och seniorforskaren Joel Spratt. Välkommen! Länk till Shintaku Lab

Tillbaka med ny energi efter en händelserik sommar! Ian deltog i Statphys Satellite-mötet i Lviv, Ukraina (artikel om Statphys Lviv) för att bygga viktiga kontakter och ta del av de senaste idéerna inom statistisk fysik, och Ian och Joel presenterade vårt arbete om DNA-baserad datalagring vid DBDS-mötet i Prag i år. Simons artikel om dolda nätverk accepterades i Nature Communications, stort grattis! Dessutom besökte Voluminex-samarbetspartnerna Martin Weigt och Federico Scarpati Stockholm för ett hackathon i grafteori tillsammans med Ian och David. Länk till DBDS-webbsidan

Samarbetspartnerna i Voluminex-projektet, koordinerat av Hoffecker-gruppen och KTH, anländer till Stockholm för den officiella projektstarten. I detta femåriga internationella projekt kommer vi att utveckla en nätverksbaserad avbildningsteknologi för 3D-kartläggning av molekyler i organoider. Länk till projektets webbsida

Roliga nyheter: vår grupp vid KTH/SciLifeLab kommer att koordinera ett stort paneuropeiskt projekt under de kommande fem åren för att utveckla en 3D-spatial molekylär avbildningsteknologi baserad på nätverk. Projektet genomförs tillsammans med Erik Benson vid Karolinska/SciLifeLab Stockholm, det Stockholmsbaserade sekvenseringsteknikföretaget Single Technologies AB lett av vd Johan Strömqvist, biologerna Benedetta Artegiani och Delilah Hendriks vid Princess Máxima Center for Pediatric Oncology i Utrecht, Nederländerna, samt fysikern Martin Weigt vid Sorbonne University i Paris. Vi finansieras av EU genom EIC Pathfinder-programmet. Läs mer här: Länk till nyhetsartikel

I höst deltog Ian, David och Simon i den spännande konferensen DNA30 i Baltimore, där vi tog del av de senaste genombrotten inom molekylär programmering. David och Simon presenterade resultaten från sin senaste forskning om att hitta dold spatial information i DNA-barcode-nätverk. Vi hade också glädjen att arrangera ett föredrag här på SciLifeLab med Joshua Weinstein, en pionjär inom spatial inferens från molekylära nätverk, som presenterade sitt spännande arbete för vår forskningsmiljö. Hösten innebar också den andra omgången av den populära KTH-kursen Machine Learning for Biotechnology på master-/doktorandnivå, som gavs tillsammans med Anniina Vihervaara. Det var roligt att ta del av studenternas presentationer i slutet av kursen! Tidigare denna månad reste Ian till Japan och höll ett föredrag om spatiala molekylära nätverk vid Kyoto Universitys Institute for Frontier Life and Medical Sciences (LiMe), värd för besöket var professor Hirofumi Shintaku. Ian finns nu också på Bluesky - Följ och connecta här! Slutligen har Krzysztof Mrosik nyligen anslutit till gruppen för att göra sitt examensarbete med oss om informatik och beräkningsmässig bearbetning av information som finns i DNA-barcodes. Välkommen Krzysztof!

I vår välkomnade vi den erfarna postdoktorn Joel Spratt till gruppen. Joel disputerade i Oxford och gjorde därefter en postdok vid Karolinska Institutet innan han började hos oss, där han nu arbetar med att utveckla nya sekvenseringsbaserade teknologier. Under våren publicerade vi också två preprints. Se dem här: Dahlberg SK, Bonet DF, Franzén L, Ståhl PL, Hoffecker IT. Hidden network preserved in Slide-tags data allows reference-free spatial reconstruction. bioRxiv. 2024:2024-06. och här: Bonet DF, Blumenthal JI, Lang S, Dahlberg SK, Hoffecker IT. Spatial coherence of DNA barcode networks. bioRxiv. 2024:2024-05.

Hösthälsningar! Ett varmt välkomnande till två nya labbmedlemmar. Dr Anastassia Runina börjar hos oss som postdoktor. Med bakgrund inom realtids-PCR, mikroarrayer, produktutveckling för next-gen-sekvensering och STI-detektion kommer Anastassia att utveckla nya bioteknologier kopplade till sekvensering tillsammans med oss. Johanna Blumenthal från SciLifeLabs masterprogram Molecular Techniques in the Life Sciences ansluter för sitt projektarbete och examensarbete. Välkomna Anastassia och Johanna! Ian är också inne i slutskedet av den nya masterkursen CB206V i Machine Learning in Biotechnology, som samarrangeras med kollegan Anniina Vihervaara vid institutionen för genteknologi. Se de inspelade föreläsningarna på YouTube.

Ett varmt välkomnande till KI-studenten Salomé Hahne! Hon har nyligen anslutit till oss inom ramen för rotationsdelen av masterprogrammet i biomedicin. Ian höll också en tvådagars workshop i statistik och programmering för SciLifeLabs masterprogram denna månad. Videoföreläsningarna finns på YouTube.

Vi är stolta över att presentera vårt senaste bidrag till det framväxande området DNA-sekvenseringsbaserad mikroskopi. Arbetet leddes av vår nyantagna doktorand David Fernandez Bonet. Läs hela preprinten.

Grattis till labbmedlemmarna Simon Kolmodin Dahlberg och David Fernandez Bonet till lyckad examen och genomförda masterförsvar! Vi välkomnar dem nu som doktorander och önskar mod, styrka och stort lycka till på den kommande resan.

Ny artikel ute om stokastisk modellering av antikroppars multivalenta bindning: nature.com/articles/s43588-022-00218-z Läs gärna vår research briefing om ämnet och KTH:s nyhetsartikel för en mer lättillgänglig förklaring!

Vi välkomnar tre nya medlemmar: Dr Erik Benson har anslutit som postdoktor efter att tidigare ha varit MSCA Fellow i Oxford. Shuai Lang, tidigare masterstudent vid Karolinska Institutet, påbörjar nu sina doktorandstudier hos oss. Och KTH-studenten Simon Kolmodin Dahlberg har anslutit för sitt examensarbete. Välkomna!

Ett varmt välkomnande och stort tack till vår första generation studenter. KTH-studenterna David Fernández Bonet och Simon Kolmodin Dahlberg kommer båda att göra sina examensarbeten hos oss. Och ett försenat välkomnande till KI-studenten Li Ma, som arbetade med oss under sommaren och hösten och hjälpte till att etablera de första experimenten och infrastrukturen i vårt nya labb. Fantastiskt arbete!

Hoffecker Lab har slagit sig ner vid den fantastiska institutionen för genteknologi på KTH/SciLifeLab. Det är en stor ära att få vara en del av denna stjärnspäckade grupp av internationellt erkända forskare.

Hoffecker Lab startar officiellt den 1 maj 2021 som ny medlem av institutionen för genteknologi vid KTH Royal Institute of Technology på SciLifeLab-campus i Stockholm. Finansieringen som gör detta möjligt kommer från ett ERC Starting Grant, ett startbidrag från Vetenskapsrådet (VR), medfinansiering från KTH:s skola för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), central finansiering från KTH samt ett projektbidrag från Åke Wibergs stiftelse.