Gruppen för molekylär programmering vid KTH rekryterar två helfinansierade doktorander för att arbeta i skärningspunkten mellan bioteknologi, beräkning, fysik och maskininlärning.

Vår grupp utvecklar nya teknologier med DNA som konstruktionsmaterial. Vi är intresserade av hur begrepp från beräkningsteori, nätverksvetenskap och informationsteori kan översättas till molekylära system för avkänning, inferens och biologisk mätning. Forskningsinriktningar inkluderar DNA-beräkning, sekvensbaserad mikroskopi, molekylära nätverk, spatial transkriptomik och kemiska neurala nätverk.

Tjänsterna är baserade vid KTH och SciLifeLab i Stockholm, i en tvärvetenskaplig miljö som spänner över molekylärbiologi, DNA-nanoteknologi, genomik, maskininlärning och tillämpad matematik.

Tjänst 1: DNA-baserade kemiska neurala nätverk ("smart PCR")

Det här projektet utvecklar molekylära system där beräkning liknande neurala nätverk implementeras direkt via DNA-kemi. Arbetet kombinerar molekylärbiologi, termodynamik, reaktionsnätverksdesign och beräkningsmodellering av DNA-strängsodynamik.

Det övergripande målet är att utveckla programmerbara biokemiska system som kan känna igen mönster i molekylblandningar utan sekvensering eller konventionell digital beräkning.

Lämpliga bakgrunder inkluderar bioteknologi, molekylärbiologi, biokemi, teknik, biofysik eller DNA-nanoteknologi. Beräkningserfarenhet är meriterande.

Ansök: Smart PCR-doktorandtjänst
Ansökningar tas emot till början av juni.

Tjänst 2: Spatial rekonstruktion från encellsgenomik

Det här projektet utvecklar grafteorietiska metoder och maskininlärningsmetoder för att återskapa spatial organisation i vävnader utifrån encells-RNA-sekvensering och molekylära nätverksdata.

Arbetet fokuserar på algoritmuveckling, storskalig dataanalys och beräkningsbaserad inferens för spatial biologi. Tjänsten är kopplad till det svenska nationella programinitiativet Data-Driven Life Science (DDLS).

Lämpliga bakgrunder inkluderar tillämpad matematik, fysik, datavetenskap, beräkningsbiologi, teknik eller liknande kvantitativa ämnen.

Ansök: Beräkningsbaserad spatial genomik-doktorandtjänst
Ansökningar tas emot till början av juni.

Vi letar alltid efter möjliga masterstudenter som vill göra sitt examensarbete hos oss och arbeta som en del av vårt team. Studenter från SciLifeLab, KTH, KI eller andra masterprogram är välkomna att höra av sig. Vårt mål är att utveckla nya bioteknologier som använder DNA:s programmerbara informationslagring för att skapa molekylära logiska kretsar, styra interaktioner mellan molekyler, definiera strukturer på nanoskala och samla in information från biologiska prover med hjälp av DNA-sekvensering. Det som driver oss är glädjen i att hitta smarta sätt att manipulera information med molekyler för att åstadkomma överraskande och användbara saker. Möjliga projekt kan kombinera följande områden beroende på dina intressen och din bakgrund:

Beräkningsinriktat och dry lab:

• Matematik och nätverksvetenskap
• Bioinformatik
• Maskininlärning och optimering

Experimentellt och wet lab:

• Yt-/polymerkemi och materialteknik
• Molekylärbiologi och biokemi
• Högkapacitetssekvensering av DNA
• Instrumentutveckling och fluidik

Vill du göra en postdoktor hos oss? Det bästa sättet är oftast att söka extern finansiering tillsammans med oss. Här är några alternativ att överväga:

• DDLS Postdoctoral Fellowship För beräkningsinriktade projekt. Deadline i mars.
• Digital Futures Postdoc Fellowship (utlysning i mitten av februari, beslut i juni)
• RED Postdoctoral Fellowship (utlysning brukar komma runt december varje år)
• Marie-Curie Fellowships (deadlines ligger vanligtvis i september)
• EMBO fellowships