VOLUMINEX

Ett EU-finansierat samarbete för att utveckla 3D-spatial genomik baserad på molekylär nätverksbildning och sekvenseringsbaserad avläsning.

3D-spatial genomik organoider nätverksvetenskap Europa

Kyoto University, Japan

Samarbete kring sekvenseringsbaserade teknologier för spatial infångning och avbildning av molekylära nätverk.

mikrofluidik spatial infångning Japan

Stockholmsnavet för DNA-nanoteknik och DNA-beräkning

Kopplingar kring DNA-nanoteknik, molekylär programmering och programmerbara material på nanoskala.

DNA-nanoteknik molekylär programmering nanomaterial Stockholm

Ett europeiskt samarbete mellan flera institutioner för att utveckla 3D-spatial genomik

VOLUMINEX partner logos European Innovation Council logo VOLUMINEX annual meeting Paris city

Ett EU-finansierat forskningssamarbete med fokus på att utveckla teknologier för 3D-spatial genomik baserade på molekylär nätverksbildning och sekvenseringsbaserad avläsning.

Gruppen för molekylär programmering koordinerar VOLUMINEX-projektet för KTH:s räkning, i ett konsortium med kompletterande expertis inom fysik, biologi, DNA-nanoteknik och industriella sekvenseringsplattformar:

  • Teori och statistisk fysik: Martin Weigt (Sorbonne Université, Paris)
  • Organoidbiologi: Benedetta Artegiani och Delilah Hendriks (Princess Máxima Center, Utrecht)
  • DNA-nanoteknik: Erik Benson (Karolinska Institutet)
  • Industriell sekvenseringsteknik: Single Technologies AB

Projektet omfattar både experimentell och beräkningsinriktad utveckling, med pågående utbyten, gemensamma utvecklingsinsatser och regelbundna konsortiemöten, inklusive workshops och hackathons hos partnerinstitutionerna (till exempel Paris 2026 och Stockholm).

Länkar

Shintaku Lab i Japan

Shintaku collaboration talk Kyoto nanobiofluidics colloquium Kyoto collaboration

Vi samarbetar med Hirofumi Shintaku och kollegor vid Kyoto Universitys Institute for Life and Medical Sciences kring teknologier för spatial molekylär infångning och sekvenseringsbaserad mikroskopi. Detta utbyte knyter samman vårt arbete med molekylära nätverk och rekonstruktionsalgoritmer med instrumentutveckling, mikrofluidik och nya experimentella vägar för att fånga spatial information från biologiska prover.

Under 2025 reste Simon Dahlberg från gruppen till Kyoto för att bidra till utvecklingen av en ny spatial sekvenseringsteknologi framtagen av Hiro och hans kollega Taikopaul Kaneko. Simon deltog i ett Nanobiofluidics-kollokvium och bedrev forskning om beräkningsalgoritmer under en tremånadersvistelse i Kyoto. Detta var den första delen av ett mer långsiktigt samarbete, med fler utbyten väntade framöver.

Samarbetet omfattar forskningsbesök, studentutbyten och gemensam utveckling av metoder där spatial struktur kodas till molekylär data som kan läsas ut med sekvensering.

Länkar

Stockholmsnavet för DNA-nanoteknik och DNA-beräkning

DNA nanotechnology 1 DNA nanotechnology 2

Detta samarbetsnätverk består av grupper ledda av Ian Hoffecker samt forskarna Erik Benson, Ana Teixeira och Björn Högberg (Karolinska Institutet). Tillsammans representerar våra grupper Stockholms ledande forskare inom design av DNA-nanostrukturer, molekylär programmering och cellulär interaktion med DNA-nanorobotik. Vi delar ett gemensamt mål att utveckla programmerbara nukleinsyrasystem som kan känna av, bearbeta och agera, oftast i biologiska miljöer. Detta nav har vuxit fram organiskt till en plattform för gemensam forskning, infrastruktur och utbildning inom nanoteknik, beräkning och livsvetenskaper.